Secuenciación y análisis del transcriptoma de dalbulusmaidis
Los auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) son insectos exclusivamente fitófagos, que pueden causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades vectorizadas por ellos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease, potencialmente una de las enfermedades más s...
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| Publicado: |
2018
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| Acceso en línea: | https://bdigital.uncu.edu.ar/fichas.php?idobjeto=13053 |
| Sumario: | Los auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) son insectos exclusivamente fitófagos, que pueden
causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades vectorizadas
por ellos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease, potencialmente una de las
enfermedades más serias del cultivo de maíz, capaz de causar pérdidas parciales o totales en la
producci ón en las zonas afectadas. En Argentina, Dalbulusmaidis (Hemiptera: Auchenorrhyncha)
es el único vector a campo conocido como transmisor del Spiroplasmakunkelii , patógeno causal
del Corn Stunt . Dada su importancia como plaga en la agricultura, se secuenció el transcriptoma
de todos los estadios del ciclo de vida de este insecto (huevos, 5 estadios ninfales y dos muestras
de adultos). Se utilizó un pool de insectos para abarcar la mayor cantidad de genes expresados.
Como la información genómica de Dalbulusma idis no está disponible, se realizó el ensamblado de
novo . Se compararon los ensambles realizados con 3 programas: VELVET OASES, ABySS y
Trinity. Se evaluaron utilizando métricas (N50, longitud de contig ) y medidas de cobertura (CEG,
BUSCO). En base a es tosanálisis, se decidió buscar genes del desarrollo en los ensambles de
VELVET OASES y Trinity. El porcentaje total de genes encontrado fue mayor para el ensamble
de Trinity. Teniendo en cuenta los resultados previos, se ensamblaron el resto de las muest ras con
Trinity, obteniendo valores de métricas y coberturas muy buenos. Además se compararon los
transcriptomas con proteomas publicados como medida de homología entre especies. En este
trabajo se compararon distintos métodos de ensamble de novo y se selec cionó el que mejor se
adaptó a nuestros datos y experimentos
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