Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species
Trichloris crinita es una importante gramínea forrajera, nativa de regiones áridas del continente americano. A pesar de su importancia, no existen herramientas moleculares ni secuencias nucleotídicas disponibles para esta especie. En este estudio, se desarrollaron marcadores moleculares SSR (“sim...
Guardado en:
Publicado en: | Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias |
---|---|
Autores principales: | , , , |
Materias: | |
Acceso en línea: | https://bdigital.uncu.edu.ar/fichas.php?idobjeto=10692 |
todos_str_mv |
10654 78 CONICET-UNCUYO CONICET-UNCUYO eng Genética y mejoramiento vegetal UNCuyo FCA UNCuyo FCA |
---|---|
autor_str_mv |
Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico Kozub, Perla Carolina |
descriptores_str_mv |
Chloridoideae Diversidad genética como recurso Forage grass Genetic diversity Gramíneas Gramíneas forrajeras Marcadores genéticos Marker transferability Microsatélites Microsatellites Trichloris crinita |
disciplina_str_mv |
Ciencias agrarias |
titulo_str_mv |
Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species |
object_type_str_mv |
Textual: Revistas |
description_str_mv |
Trichloris crinita es una importante gramínea forrajera, nativa de regiones áridas del
continente americano. A pesar de su importancia, no existen herramientas moleculares ni
secuencias nucleotídicas disponibles para esta especie. En este estudio, se desarrollaron
marcadores moleculares SSR (“simple sequence repeats”) a partir de secuencias nucleotídicas
de especies filogenéticamente cercanas a Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon
dactylon y ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’) y se evaluó su transferibilidad
en ocho accesiones de T. crinita y cinco especies de gramíneas cercanamente emparentadas.
De los 105 pares de cebadores evaluados, 16 amplificaron productos del tamaño
esperado en T. crinita, mientras que la transferibilidad a otras especies varió entre 12
(en Chloris castilloniana) y 28 SSRs (en Eleusine coracana). De los 16 SSRs transferibles
a T. crinita, seis fueron polimórficos y se utilizaron para analizar el grado de diversidad
genética en ocho accesiones de esta especie. El análisis reveló 23 alelos, los cuales permitieron
diferenciar todas las accesiones de T. crinita, con valores de similitud genética
entre pares de accesiones de 0,35 a 0,81 (Jaccard). Se obtuvieron valores medios de
heterocigosidad observada y esperada de 0,53 y 0,63 respectivamente. Trichloris crinita is among the most important native forage grasses in arid regions of America. Despite its importance, molecular resources and sequence data are extremely scarce in this species. In the present study, SSR markers were developed using available DNA sequences from grass taxa phylogenetically-related to Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon dactylon and ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’). Marker transferability was evaluated in a panel of eight T. crinita accessions and five closely-related species. Of the 105 SSR primer pairs evaluated, 16 amplified products of expected size in T. crinita, whereas transferability to other grass species ranged from 12 (in Chloris castilloniana) to 28 SSRs (in Eleusine coracana). Six of the 16 SSR markers successfully transferred to T. crinita (37.5%) were polymorphic, and were further used to assess genetic diversity in eight T. crinita accessions. The analysis revealed a total of 23 SSR alleles (3.83 alleles/locus), allowing the discrimination of all T. crinita accessions, with pair-wise genetic similarities ranging from 0.35 to 0.81 (Jaccard coefficient). Mean (and range) values for observed (Ho) and expected heterozygosity (He) were 0.53 (0.0-1.0) and 0.63 (0.48-0.79), respectively. |
id |
10692 |
plantilla_str |
Artículo de Revista |
record_format |
article |
container_title |
Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias |
journal_title_str |
Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias |
journal_id_str |
r-78 |
container_issue |
Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias |
container_volume |
Vol. 50, no. 1 |
journal_issue_str |
Vol. 50, no. 1 |
tipo_str |
textuales |
type_str_mv |
Articulos |
title_full |
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species |
title_fullStr |
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species |
title_full_unstemmed |
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species |
description |
Trichloris crinita es una importante gramínea forrajera, nativa de regiones áridas del
continente americano. A pesar de su importancia, no existen herramientas moleculares ni
secuencias nucleotídicas disponibles para esta especie. En este estudio, se desarrollaron
marcadores moleculares SSR (“simple sequence repeats”) a partir de secuencias nucleotídicas
de especies filogenéticamente cercanas a Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon
dactylon y ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’) y se evaluó su transferibilidad
en ocho accesiones de T. crinita y cinco especies de gramíneas cercanamente emparentadas.
De los 105 pares de cebadores evaluados, 16 amplificaron productos del tamaño
esperado en T. crinita, mientras que la transferibilidad a otras especies varió entre 12
(en Chloris castilloniana) y 28 SSRs (en Eleusine coracana). De los 16 SSRs transferibles
a T. crinita, seis fueron polimórficos y se utilizaron para analizar el grado de diversidad
genética en ocho accesiones de esta especie. El análisis reveló 23 alelos, los cuales permitieron
diferenciar todas las accesiones de T. crinita, con valores de similitud genética
entre pares de accesiones de 0,35 a 0,81 (Jaccard). Se obtuvieron valores medios de
heterocigosidad observada y esperada de 0,53 y 0,63 respectivamente. |
dependencia_str_mv |
Facultad de Ciencias Agrarias |
title |
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species |
spellingShingle |
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species Chloridoideae Diversidad genética como recurso Forage grass Genetic diversity Gramíneas Gramíneas forrajeras Marcadores genéticos Marker transferability Microsatélites Microsatellites Trichloris crinita Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico Kozub, Perla Carolina |
topic |
Chloridoideae Diversidad genética como recurso Forage grass Genetic diversity Gramíneas Gramíneas forrajeras Marcadores genéticos Marker transferability Microsatélites Microsatellites Trichloris crinita |
topic_facet |
Chloridoideae Diversidad genética como recurso Forage grass Genetic diversity Gramíneas Gramíneas forrajeras Marcadores genéticos Marker transferability Microsatélites Microsatellites Trichloris crinita |
author |
Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico Kozub, Perla Carolina |
author_facet |
Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico Kozub, Perla Carolina |
title_sort |
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species |
title_short |
Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species |
url |
https://bdigital.uncu.edu.ar/fichas.php?idobjeto=10692 |
estado_str |
3 |
building |
Biblioteca Digital |
filtrotop_str |
Biblioteca Digital |
collection |
Artículo de Revista |
institution |
Sistema Integrado de Documentación |
indexed_str |
2023-04-25 00:36 |
_version_ |
1764120200694726656 |