Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas

Trichloris crinita is among the most important native forage grasses in arid regions of America. Despite its importance, molecular resources and sequence data are extremely scarce in this species. In the present study, SSR markers were developed using available DNA sequences from grass taxa phylogen...

Descripción completa

Guardado en:

Detalles Bibliográficos
Autores principales:	Kozub, Perla Carolina, Barboza, Karina, Cavagnaro, Juan Bruno, Cavagnaro, Pablo Federico
Formato:	Online
Lenguaje:	eng
Publicado:	Facultad de Ciencias Agrarias-UNCuyo 2018
Materias:	Chloridoideae gramínea forrajera diversidad genética transferibilidad microsatélites orage grass genetic diversity marker transferability microsatellites
Acceso en línea:	https://revistas.uncu.edu.ar/ojs3/index.php/RFCA/article/view/2999

id	I11-R107article-2999
record_format	ojs
spelling	I11-R107article-29992022-11-09T18:13:02Z Development and characterization of SSR markers for Trichloris crinita using sequence data from related grass species Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas Kozub, Perla Carolina Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico Chloridoideae gramínea forrajera diversidad genética transferibilidad microsatélites Chloridoideae orage grass genetic diversity marker transferability microsatellites Trichloris crinita is among the most important native forage grasses in arid regions of America. Despite its importance, molecular resources and sequence data are extremely scarce in this species. In the present study, SSR markers were developed using available DNA sequences from grass taxa phylogenetically-related to Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon dactylon and ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’). Marker transferability was evaluated in a panel of eight T. crinita accessions and five closely-related species. Of the 105 SSR primer pairs evaluated, 16 amplified products of expected size in T. crinita, whereas transferability to other grass species ranged from 12 (in Chloris castilloniana) to 28 SSRs (in Eleusine coracana). Six of the 16 SSR markers successfully transferred to T. crinita (37.5%) were polymorphic, and were further used to assess genetic diversity in eight T. crinita accessions. The analysis revealed a total of 23 SSR alleles (3.83 alleles/locus), allowing the discrimination of all T. crinita accessions, with pair-wise genetic similarities ranging from 0.35 to 0.81 (Jaccard coefficient). Mean (and range) values for observed (Ho) and expected heterozygosity (He) were 0.53 (0.0-1.0) and 0.63 (0.48-0.79), respectively. Trichloris crinita es una importante gramínea forrajera, nativa de regiones áridas del continente americano. A pesar de su importancia, no existen herramientas moleculares ni secuencias nucleotídicas disponibles para esta especie. En este estudio, se desarrollaron marcadores moleculares SSR ("simple sequence repeats") a partir de secuencias nucleotídicas de especies filogenéticamente cercanas a Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon dactylon y ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’) y se evaluó su transferibilidad en ocho accesiones de T. crinita y cinco especies de gramíneas cercanamente emparentadas. De los 105 pares de cebadores evaluados, 16 amplificaron productos del tamaño esperado en T. crinita, mientras que la transferibilidad a otras especies varió entre 12 (en Chloris castilloniana) y 28 SSRs (en Eleusine coracana). De los 16 SSRs transferibles a T. crinita, seis fueron polimórficos y se utilizaron para analizar el grado de diversidad genética en ocho accesiones de esta especie. El análisis reveló 23 alelos, los cuales permitieron diferenciar todas las accesiones de T. crinita, con valores de similitud genética entre pares de accesiones de 0,35 a 0,81 (Jaccard). Se obtuvieron valores medios de heterocigosidad observada y esperada de 0,53 y 0,63 respectivamente. Facultad de Ciencias Agrarias-UNCuyo 2018-07-01 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion application/pdf https://revistas.uncu.edu.ar/ojs3/index.php/RFCA/article/view/2999 Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias UNCuyo; Vol. 50 No. 1 (2018): January-June; 1-16 Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias UNCuyo; Vol. 50 Núm. 1 (2018): Enero-Junio; 1-16 1853-8665 0370-4661 eng https://revistas.uncu.edu.ar/ojs3/index.php/RFCA/article/view/2999/2161
institution	Universidad Nacional de Cuyo
building	Revistas en línea
filtrotop_str	Revistas en línea
collection	Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias
journal_title_str	Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias
institution_str	I-11
repository_str	R-107
language	eng
format	Online
author	Kozub, Perla Carolina Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico
spellingShingle	Kozub, Perla Carolina Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas Chloridoideae gramínea forrajera diversidad genética transferibilidad microsatélites Chloridoideae orage grass genetic diversity marker transferability microsatellites
author_facet	Kozub, Perla Carolina Barboza, Karina Cavagnaro, Juan Bruno Cavagnaro, Pablo Federico
author_sort	Kozub, Perla Carolina
title	Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas
title_short	Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas
title_full	Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas
title_fullStr	Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas
title_full_unstemmed	Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas
title_sort	development and characterization of ssr markers for trichloris crinita using sequence data from related grass species
description	Trichloris crinita is among the most important native forage grasses in arid regions of America. Despite its importance, molecular resources and sequence data are extremely scarce in this species. In the present study, SSR markers were developed using available DNA sequences from grass taxa phylogenetically-related to Trichloris (Eleusine coracana, Cynodon dactylon and ‘Cynodon dactylon x Cynodon transvaalensis’). Marker transferability was evaluated in a panel of eight T. crinita accessions and five closely-related species. Of the 105 SSR primer pairs evaluated, 16 amplified products of expected size in T. crinita, whereas transferability to other grass species ranged from 12 (in Chloris castilloniana) to 28 SSRs (in Eleusine coracana). Six of the 16 SSR markers successfully transferred to T. crinita (37.5%) were polymorphic, and were further used to assess genetic diversity in eight T. crinita accessions. The analysis revealed a total of 23 SSR alleles (3.83 alleles/locus), allowing the discrimination of all T. crinita accessions, with pair-wise genetic similarities ranging from 0.35 to 0.81 (Jaccard coefficient). Mean (and range) values for observed (Ho) and expected heterozygosity (He) were 0.53 (0.0-1.0) and 0.63 (0.48-0.79), respectively.
publisher	Facultad de Ciencias Agrarias-UNCuyo
publishDate	2018
url	https://revistas.uncu.edu.ar/ojs3/index.php/RFCA/article/view/2999
topic	Chloridoideae gramínea forrajera diversidad genética transferibilidad microsatélites Chloridoideae orage grass genetic diversity marker transferability microsatellites
topic_facet	Chloridoideae gramínea forrajera diversidad genética transferibilidad microsatélites Chloridoideae orage grass genetic diversity marker transferability microsatellites
work_keys_str_mv	AT kozubperlacarolina developmentandcharacterizationofssrmarkersfortrichloriscrinitausingsequencedatafromrelatedgrassspecies AT barbozakarina developmentandcharacterizationofssrmarkersfortrichloriscrinitausingsequencedatafromrelatedgrassspecies AT cavagnarojuanbruno developmentandcharacterizationofssrmarkersfortrichloriscrinitausingsequencedatafromrelatedgrassspecies AT cavagnaropablofederico developmentandcharacterizationofssrmarkersfortrichloriscrinitausingsequencedatafromrelatedgrassspecies AT kozubperlacarolina desarrolloycaracterizaciondemarcadoresmolecularesssrparatrichloriscrinitausandosecuenciasdegramineasfilogeneticamentecercanas AT barbozakarina desarrolloycaracterizaciondemarcadoresmolecularesssrparatrichloriscrinitausandosecuenciasdegramineasfilogeneticamentecercanas AT cavagnarojuanbruno desarrolloycaracterizaciondemarcadoresmolecularesssrparatrichloriscrinitausandosecuenciasdegramineasfilogeneticamentecercanas AT cavagnaropablofederico desarrolloycaracterizaciondemarcadoresmolecularesssrparatrichloriscrinitausandosecuenciasdegramineasfilogeneticamentecercanas
_version_	1800220891822424064

Desarrollo y caracterización de marcadores moleculares SSR para Trichloris crinita usando secuencias de gramíneas filogenéticamente cercanas

Ejemplares similares